Wie viele andere Häuser und Teile der Stadtkirche St. Maria wurde auch das gerade erst fertig gestellte Boizenburger Rathaus 1709 Opfer eines großen Stadtbrandes, bei dem mehr als 150 Häuser von den Flammen vernichtet wurden. Der Ingenieur Jakob Reutz entwarf daraufhin die Innenstadt neu. Um dem Brandschutz besser gerecht werden zu können, erhielt das Zentrum einen schachbrettartigen Grundriss und gleichzeitig seine barocke Prägung. Im Mittelpunkt des Marktplatzes sollte wie schon zuvor das neue Rathaus stehen. Heute ist das freistehende Gebäude eines der bedeutendsten Beispiele barocker Fachwerksbaukunst. Das Besondere an diesem zweistöckigen Fachwerkbau ist der Laubengang, der sich über die gesamte Vorderseite erstreckt und von hölzernen Stützen getragen wird. Die Mitte des abgewalmten Mansarddaches krönt ein offenes Laternentürmchen und im Eingangsbereich des Rathauses wurde der Laubengang vorgezogen. Die Kolonnaden mit der alten Stadtwaage an den Deckenbalken erinnern noch heute an das frühere Markttreiben.
Im Rahmen der allgemeinen Stadterneuerung wurde das Rathaus von 1993 bis 1996 umfangreich saniert und in seiner ursprünglichen Form von 1711 wieder hergestellt. Auch das kräftige Rot der Fassade entspricht der damaligen Gestaltung.