Es ist für die meisten Gewässer möglich das eigene (nicht motorisierte!) Boot mitzubringen. Eine Ausnahme bildet der streng geschützte Schaalsee. Auf dem Schaalsee dürfen keine ortsfremde Wasserfahrzeuge, Kanus, Kajaks, Ruder oder Faltboote eingesetzt oder benutzt werden. Motorboote dürfen dagegen auf "schiffbaren Gewässern" gefahren werden. Dies sind vor allem die Landeswasserstraßen und die Bundeswasserstraßen in Mecklenburg-Vorpommern.
Für Boote mit Maschinen ab 4 PS besteht eine Kennzeichnungspflicht auf den Binnenschifffahrtsstraßen (zu denen auch der Schweriner See, die Müritz-Elde-Stör-Wasserstraße, sowie zahlreiche Seen der Mecklenburgischen Seenplatte gehören). Um euer Boot auf diesen Gewässern führen zu können, muss es ein gültiges, amtlich anerkanntes Kennzeichen besitzen. In der Regel reicht das Kennzeichen aus, mit dem ihr euer Boot auf dem Heimatgewässer angemeldet haben. Allerdings gibt es hierbei auch Ausnahmen.
Die Wasserstraßen- und Schifffahrtsverwaltung des Bundes hat eine Liste der anerkannten Kennzeichen herausgegeben. Diese könnt ihr hier (externer Link) abrufen. Ist euer Kennzeichen nicht auf der Liste der annerkanten Kennzeichen, kontaktiert bitte das Wasser- und Schifffahrtsamt Lauenburg, für mehr Informationen zur Anmeldung eurer Boote auf den mecklenburgischen Binnengewässern.
Neben den Kosten für den Transport mittels Trailer, benötigen ihr eine Einsatzstelle (Kran oder Slipanlage) für deren Benutzung eventuell Gebühren anfallen. Nur auf wenigen Seen gibt es spezielle Nutzungsgebühren für das Befahren des Sees, für die Seen der Binnenwasserstraßen gibt es meist keine Nutzungsgebühren. Für das Liegen in Sportboothäfen und Marinas entfallen in der Regel Hafengebühren, die nach Länge des Bootes gestaffelt sind. Weitere Kosten fallen im Hafen unter Umständen für die Entsorgung, Wasser- und Treibstoff, Nutzung von Sanitäranlagen, Waschmaschinen und Ähnlichem an.